正確進行培養基質量控制，并作為一項經常性的工作，建立完整的檢驗資料，是實驗室今后通過相應級別的認證，在整個檢驗質量控制體系中所必須具備的文件資料。
1、常用培養基的質量控制
檢驗項目與方法：對新批號的干燥培養基物理、化學及生物學指標鑒定
A：感官（外觀）研細程度和顏色（溶解前后），透明度，雜質等；
B：PH測定，按各種培養基要求的PH±0.2，蒸餾水的PH應在6.4-7.0之間。
C：生物學指標檢定，被檢培養基相應細菌生長率測試；菌落大小及特征的檢測。
生長率測試：適用與液體和固體培養基：將菌培養液，用生理鹽水做倍比稀釋，取合適稀釋度進行平板計數或接種被檢的培養基試管，同時以按相關的培養基國標配方新鮮配制的培養基進行對照。不低與10%。
菌落大小測試：劃線分離測試菌，取10個菌落測量直徑大小，其直徑均值與新鮮配制的培養基無統計學差異。
2、常用培養基質量標準
外觀和理化標準：
干粉顏色：淡黃色粉末或呈現本培養基特有的顏色
溶解后培養基色澤：清晰透明（含瓊脂除外）淡黃色或特有的色澤；
滅菌后的培養基PH：7.2±2℃為多；個別弧菌檢驗用培養基pH值偏高為：8.0 ±2℃
生物學指標：菌落特征及菌落大小 。
3、培養基保存環境
制成的培養基保存環境為4℃冰箱，如制成平板則用塑料袋包裝置冰箱保存，
干燥培養基干粉含有活性物質、遇熱易分解的物質應仔細查看存放條件，多數也須放在2-8 ℃條件保存。
有的培養基則以存放于10-15 ℃條件為易。如含有高濃度膽鹽的培養基。
4、培養基制備控制程序
培養基配制所用的儀器設備培養基配制所用的儀器設備必須經過相應的鑒定 。
配制培養基所用的用具及容器配制培養基所用的用具及容器必須是清潔或是滅菌的，一些特殊不易洗刷清潔的玻璃器皿，必要時可用重鉻酸鉀硫酸清潔浸泡后，取出置5%氫氧化鈉溶液浸泡數分鐘，再用3%鹽酸溶液進行中和，然后用清水沖洗，烘干后備用。
5、培養基配制原料，試劑質量控制
配制好的培養基（尤其是糖發酵管）不宜久放。，因為培養培養基吸收空氣中的二氧化碳，會使培養基變酸，從而影響細菌的生長。
培養基中的抑制劑及指示劑一定要精確稱量，抑制劑要注意合理配伍。
6、培養基主要原料的質量控制
配制培養基的主要原料有蛋白胨、牛肉浸膏、酵母浸膏、膽鹽、無機鹽和瓊脂等，這些主要原料的有劣，直接影響到培養基的質量，由此也將影響檢驗質量。
指標有感官、理化、物理、生物學。